Kiểm tra, thanh tra thuế tại doanh nghiệp: quy trình, doanh nghiệp nào bị chọn và chuẩn bị hồ sơ

Luật ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử, và kiểm tra của cơ quan thuế không được trùng nội dung, phạm vi, thời gian với thanh tra, kiểm tra của cơ quan khác hay Kiểm toán nhà nước, trừ khi có bằng chứng cần kiểm tra lại. Vụ việc phức tạp, rủi ro cao, có dấu hiệu vi phạm cần thanh tra thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra.

Các tiêu chí không bí mật. Với tuân thủ, cơ quan thuế nhìn vào tình trạng hoạt động (số lần tạm ngừng, số lần đổi địa điểm, đổi địa điểm khi còn nợ thuế), người đại diện có từng đứng tên doanh nghiệp thuộc danh sách rủi ro không, tỷ lệ hồ sơ khai nộp đúng hạn, số lần khai điều chỉnh bổ sung, lịch sử bị xử phạt về hóa đơn và về thuế, tình hình nợ thuế, việc xuất hóa đơn vượt ngưỡng an toàn. Với rủi ro, các chỉ tiêu quen thuộc là biến động của doanh thu, giá vốn, chi phí, lợi nhuận, khoản phải trả, người mua trả tiền trước, dự phòng, hàng tồn kho; tờ khai có mọi chỉ tiêu bằng 0; thua lỗ liên tục mà vẫn mở rộng sản xuất, kinh doanh.

Hiểu điều này có ích trong thực tế: doanh nghiệp tuân thủ tốt và sẵn lòng chia sẻ dữ liệu sổ kế toán, hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế được xếp hạng tốt và có thể hưởng chế độ ưu tiên. Đổi trụ sở nhiều lần, hay khai bổ sung, hay nộp trễ đều là tiêu chí kéo doanh nghiệp lên cao hơn trong danh sách.

Giải trình chưa đủ để chứng minh số thuế khai là đúng thì cơ quan thuế gửi thông báo lần 2 (mẫu 02/KTT), thêm 10 ngày làm việc. Mỗi hồ sơ khai thuế chỉ bị yêu cầu giải trình tối đa 2 lần. Chứng minh được số thuế đúng thì hồ sơ được chấp nhận. Nếu bạn khai bổ sung trước khi giải trình và qua đó chứng minh số thuế đúng, hồ sơ cũng được chấp nhận.

Hết thời hạn lần 2 mà không giải trình, không khai bổ sung hoặc giải trình không đủ, cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu đủ căn cứ. Không đủ căn cứ ấn định thì họ ra quyết định kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, hoặc đưa vào kế hoạch kiểm tra theo quản lý rủi ro. Cách viết văn bản giải trình ở bài [công văn giải trình với cơ quan thuế](/kien-thuc/cong-van-giai-trinh-co-quan-thue).

Trước khi công bố, bạn có hai lối thoát. Có lý do chính đáng thì gửi văn bản đề nghị hoãn, nêu lý do và thời gian hoãn. Hoặc, nếu quyết định ra sau khi bạn không giải trình đủ hai lần ở trụ sở cơ quan thuế, bạn cung cấp tài liệu và giải trình chứng minh số thuế khai là đúng, đồng thời nộp đủ số thuế phải nộp: quyết định sẽ bị bãi bỏ. Quyết định cũng bị bãi bỏ khi nội dung và kỳ kiểm tra trùng với thanh tra khác, khi cơ quan điều tra hay thanh tra đang làm việc với bạn, hoặc khi bạn không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký.

Khi kết thúc kiểm tra, đoàn lập dự thảo biên bản (mẫu 14/KTT), công khai và bàn giao cho bạn. Bạn có 5 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc để nêu ý kiến, giải trình, hoàn thiện và ký. Nếu vẫn bất đồng, bạn ghi ý kiến vào biên bản hoặc lưu kèm. Không ký khi hết thời hạn thì đoàn lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký. Sau đó trong 3 ngày làm việc, trưởng đoàn báo cáo kết quả; có sai phạm thì thủ trưởng cơ quan thuế ra quyết định xử lý, không thì kết luận kiểm tra (mẫu 17/KTT). Hành vi bị phát hiện có dấu hiệu trốn thuế đến mức hình sự thì trong 5 ngày làm việc đoàn báo cáo để chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra.

Điều nên làm thường xuyên là đối chiếu số liệu giữa sổ cái, bảng kê hóa đơn và tờ khai GTGT, vì chênh lệch giữa ba nơi này là nguồn của nhiều thông báo giải trình, xem [đối chiếu thuế GTGT sổ sách tờ khai](/kien-thuc/doi-chieu-thue-gtgt-so-sach-to-khai). Khi tìm ra sai sót, hãy khai bổ sung và nộp đủ thuế trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra; cách làm ở bài [mức phạt khai sai, khai thiếu, trốn thuế](/kien-thuc/muc-phat-khai-sai-tron-thue) và [khai bổ sung tờ khai thuế GTGT](/kien-thuc/khai-bo-sung-thue-gtgt). Khoản tiền chậm nộp, phạt và truy thu sau kết luận ghi sổ theo [hạch toán tiền chậm nộp, tiền phạt, truy thu](/kien-thuc/hach-toan-tien-cham-nop-tien-phat-truy-thu).

ketoanx.com/reports/checks

Các bước

1. 1

   Mở Báo cáo→, Kiểm tra sổ sách (tiêu đề trang là Kiểm tra, đối chiếu sổ sách). Ô Từ ngày mặc định là ngày 01/01 của năm nay, ô Đến ngày mặc định là hôm nay.

2. 2

   Đặt khoảng ngày theo hồ sơ bị hỏi rồi bấm Xem báo cáo. Thông báo giải trình tờ khai GTGT quý 3/2026 thì gõ 01/07/2026 và 30/09/2026; quyết định kiểm tra quyết toán năm 2025 thì gõ 01/01/2025 và 31/12/2025.

3. 3

   Đọc dòng đếm ở đầu trang (bao nhiêu phép đạt, cần xem, có vấn đề) rồi xử lý các khối đỏ trước. Với hồ sơ thuế, xem kỹ khối Bảng kê thuế GTGT so với số phát sinh tài khoản 133 và 3331, hai khối tiền mặt từ 5 triệu đồng, khối Hóa đơn lập sau ngày giao hàng, hoàn thành dịch vụ và khối Hóa đơn điện tử đầu vào chưa hạch toán.

4. 4

   Bấm vào từng dòng để mở chứng từ, hóa đơn hay sổ chi tiết tài khoản, sửa ở đó, rồi quay lại bấm Xem báo cáo lần nữa đến khi khối chuyển sang Đạt. Khối Kết chuyển lãi lỗ theo tháng, Khấu hao tài sản cố định theo tháng và Tài khoản doanh thu, chi phí (loại 5 đến 8) và 911 còn số dư phải sạch trước khi in lại báo cáo tài chính để đưa đoàn.

5. 5

   Bấm Xuất Excel để giữ kết quả kiểm của kỳ làm tài liệu nội bộ khi soạn giải trình. Nút Bộ hồ sơ báo cáo tài chính trên đầu trang mở màn tải trọn bộ báo cáo khi đoàn yêu cầu.

6. 6

   Với một tờ khai GTGT cụ thể bị hỏi, mở thêm Thuế, cuối kỳ→, Đối chiếu thuế GTGT sổ và tờ khai, chọn Kỳ kê khai rồi bấm Đối chiếu. Màn này so tài khoản 133, 3331 với tờ khai 01/GTGT mới nhất của kỳ và kể từng nguyên nhân chênh: chứng từ chưa ghi sổ, hóa đơn khác kỳ, thuế không được khấu trừ, sửa tay trên tờ khai, sổ thay đổi sau khi lập tờ khai.

Phần mềm tự ghi gì

Các màn kiểm không sinh bút toán. Bút toán chỉ đổi khi bạn sửa chính chứng từ được chỉ ra, và sổ, báo cáo, bảng kê cập nhật theo chứng từ đó. Khối chi tiền mặt cộng theo hóa đơn (gộp các phiếu tách nhỏ của cùng một hóa đơn) và theo nhà cung cấp trong ngày; dòng tóm tắt ghi sẵn số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ và phần chi phí không được trừ cần cộng vào [B4] của 03/TNDN, kèm cảnh báo phiếu chi tiền mặt trả nợ nhà cung cấp (Nợ 331) chưa đối trừ chứng từ mua nào. Khối thuế GTGT liệt kê cả chứng từ ghi thẳng vào sổ cái 133, 3331 mà không có trên bảng kê.

Ba phép kiểm theo tháng (khấu hao, phân bổ, kết chuyển) chỉ xét các tháng đã kết thúc, nên chạy giữa tháng thì tháng đang dở chưa bị báo. Tìm ra sai sót làm đổi số thuế đã khai thì lập tờ khai bổ sung ở Thuế, cuối kỳ→, Tờ khai thuế: mở tờ đã chốt của kỳ, bấm Lập tờ khai bổ sung, và màn tờ bổ sung hiện bảng chênh lệch theo nội dung 01/KHBS cùng tiền chậm nộp ước tính trên số thuế tăng thêm.

Kiểm lại và giới hạn

Kết quả cuối cùng là mọi khối liên quan đến kỳ bị hỏi đều Đạt, và màn đối chiếu thuế GTGT không còn nguyên nhân chênh chưa giải thích. Cách dùng từng khối có ở [hướng dẫn màn Kiểm tra sổ sách](/huong-dan/kiem-tra-so-sach).

KetoanX không nhận thông báo của cơ quan thuế, không soạn văn bản giải trình và không gửi tài liệu cho đoàn kiểm tra. Phép kiểm chỉ thấy dữ liệu đã nhập: hợp đồng, biên bản giao nhận, chứng từ thanh toán bản giấy bạn vẫn đối chiếu tay, và phần mềm không chấm mức tuân thủ hay mức rủi ro như cơ quan thuế làm. Các tính năng khác về thuế có ở [tính năng thuế của KetoanX](/tinh-nang#thue).